Konzepte interkultureller Pädagogik wurden/werden häufig dahingehend kritisiert, dass sie das Thema "Rassismus" vernachlässigen oder gar ganz aussparen. Dominanzverhältnisse würden zugunsten einer harmonisierenden Verständigungsstrategie ausgeblendet. Insbesondere in Großbritannien nahm dieser Diskursstrang in Auseinandersetzung mit der "Multicultural Education" breiten Raum ein. Antiracist Education versteht sich als expliziter Gegenentwurf zur interkulturellen Pädagogik.

VertreterInnen antirassistischer Ansätze machen darauf aufmerksam, dass Rassismus nicht auf die individuelle Ebene der Vorurteile reduziert werden dürfe, sondern allem voran der strukturelle und institutionelle Rassismus abgebaut werden müssten. In Großbritannien führte die Debatte in der Praxis zu zahlreichen Weiterbildungsprogrammen für BehördenmitarbeiterInnen, PolizistInnen und andere Berufsgruppen.

Im deutschsprachigen Raum werden strukturelle Ausgrenzungsphänomene stärker mit dem Schlagwort der Diskriminierung in Zusammenhang gebracht. Der Beitrag von Bildung zur  Entwicklung von Antidiskriminierungs-Strategien wird häufig in Diversity-Ansätzen berücksichtigt.

Einige AutorInnen halten die Opposition interkulturell-antirassistisch, zumindest in der wissenschaftlichen Debatte, heute für obsolet, weil u.a. die Interkulturelle Pädagogik kritische Einwände durchaus aufgenommen hat. Ob die Reflexion von Dominanzverhältnissen und Fremdheitskonstruktionen allerdings auch umfassend in die Bildungspraxis Eingang gefunden hat, darf bezweifelt werden.

Die Verwendung des Begriffes "Interkulturalität" ist insbesondere in Bezug auf Bildungsprozesse im Migrationskontext umstritten. KritikerInnen weisen unter anderem darauf hin, dass der Anspruch der Verständigung zwischen "Kulturen" die Vorstellung voneinander abgrenzbarer Kulturkreise impliziere. Menschen würden in einer statischen, ahistorischen Sicht in als natürlich verstandene Kategorien ("Kultur") eingeordnet. Diese Sichtweise erscheint in einer globalisierten Welt zunehmend fragwürdig und sollte einem prozesshaften Kulturverständnis weichen. Eine von mehreren vorgeschlagenen Begriffsalternativen bezieht sich auf das vom Philosophen Wolfgang Welsch entwickelte Konzept der "Transkulturalität" (Welsch 2005).

Weiters wurde/wird kritisiert, dass "Kultur" gegenüber anderen Merkmalen tendenziell überbewertet wird. Es besteht die Gefahr, dass  mit der Annahme von vermeintlichen "kulturellen" oder "ethnischen" Unterschieden sozialstrukturell bedingte Ungleichheiten verschleiert werden -  und Politik durch Pädagogik ersetzt wird. Man spricht daher von "Kulturalisierung".

Durch Unterscheidungspraktiken werden Fremdheit und "Andersheit" auch in pädagogischen Prozessen aktiv hergestellt und bestätigt. Dieses Phänomen wurde bereits im Rahmen postkolonialer Theorien, wie z.B. durch Edward Said ("Othering") oder Stuart Hall kritisch analysiert. In der interkulturellen Pädagogik forderte man ab den 1970er Jahren eine Wertschätzung von Differenz. Die Anerkennung des/der Anderen könnte jedoch unreflektierterweise auch dazu führen, dass damit MigrantInnen in ihrer "Andersheit" "eingeschlossen" werden. Der Pädagoge Paul Mecheril spricht von der Konstruktion "Migrations-Anderer".

Wer spricht in der interkulturellen Pädagogik für bzw. über wen? Diese aus der Wissenschaftstheorie bekannte Grundfrage eröffnet eine wichtige Perspektive auf den Integrationsdiskurs und nicht zuletzt auch auf die interkulturelle Bildungsforschung und -praxis. Diese hat in den vergangenen 30 Jahren reichhaltige Forschungen und Publikationen ÜBER MigrantInnen, sowie Bildungsprogramme FÜR die Zielgruppe hervorgebracht. In wenigen Fällen hatten Menschen mit Migrationshintergrund selbst Gelegenheit, sich aktiv in Diskurse einzubringen.

Das Spannungsfeld Selbst- und Fremdrepräsentation ist in jüngerer Zeit stärker ins Bewusstsein gerückt, nicht zuletzt weil Selbstorganisationen von MigrantInnen ihre Stimme erhoben haben. Diese treten auch zunehmend als AkteurInnen in der Weiterbildung auf. Als Beispiel für Selbstrepräsentation in Forschung und Bildungspraxis kann die im Rahmen des EQUAL-Programmes geförderte Partnerschaft  WIP (Work in Process) gelten. In der Forschung gibt es mittlerweile zahlreiche Beispiele, welchen eine Subjektorientierung sowie die Reflexion der "Standortgebundenheit des Sprechens" zu Grunde liegt.